Whole genome sequencing and comparative genome analyses of mycobacterium tuberculosis from Sabah, Malaysia

• Main Author: Jaeyres Jani
• Format: Thesis
• Language: English; English
• Published: 2020
• Subjects: RC306-320.5 Tuberculosis
• Online Access: https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/42284/1/24%20PAGES.pdf; https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/42284/2/FULLTEXT.pdf; https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/42284/

Di Malaysia, negeri Sabah merupkan salah satu negeri yang mempunyai kes tuberculosis (TB) yang tertinggi. Pada tahun 2017, negeri Sabah menyumbang sebanyak 19.5% (5106) daripada jumlah kes TB di Malaysia. Penyumbang utama peningkatan kes penyakit TB di negeri Sabah yang tinggi masih belum lagi dikenalpasti dengan tepat Buat masa ini terdapat kajian mo/ekul genotip menggunakan Spoligotip dan MIRU-VNTR, namun semua itu adalah kurang tepat. Dimana kaedah-kaedah ini hanya membandingkan kurang daripada 1% daripada keseluruhan saiz genom M. tuberculosis. Me/a/ui kemajuan teknologi, "Next generation sequencing" (NGS) membolehkan keseluruhan genom dijujuk dan dianalisis bagi membandingkan genom M. tuberculosis. Objektif kajian ini adalah untuk melakukan analisis genomik bagi jenis M. tuberculosis yang terdapat di negei Sabah, Malaysia, dan analisis perbandingan antara data genomik M. tuberculosis yang dapat diakses di melalui pangkalan data awam serta mengenalpasti "Single nucleotide Polymorphism" (SNP) sebagai maklumat genetik yang berkaitan dengan rintangan antibiotik secara in-silica. Dalam kajian ini, kami melakukan analisis 12 genom M. tuberculosis keseluruhannya iaitu jenis SBH49, SBH7O, SBH84, SBH145, SBH149, SBH162, SBH257, 5BH283, SBH331, SBH35O, SBH372, dan SBH506 yang diperolehi daripada kahak pesakit yang dikenalpasti menghidapi penyakit TB untuk menentukan lineage dan kedudukan mutasi yang berkaitan dengan rintangan antibiotik. Sampel dikumpulkan dari beberapa daerah di negeri Sabah, Malaysia, yang didapati mempunyai sejumlah laporan kes TB terbesar seperti Kota Kinabalu, Sandakan, Lahad Datu, Semporna, dan Tawau. Cecair kahak dari pesakit adalah diagnosis mengunakan GeneXpert MDR/RIF dan diku/tur dalam medium 7H9 Middlebrook dan disimpan didalam mesin BACTEC MGIT 320 yang berada dalam makmal Biosafety Level 3. Genomik DNA diekstrak dan dijujuk mengunakan teknologi Illumina. Analisis bioinformatik dilakukan, seperti analisis pemeriksaan kualiti, analisis susun atur jujukan secara de novo, analisis perbandingan genomik, analisis varians, dan analisis rintangam antibotik. Hasilnya daripada kajian, 11 jenis bakteria M. tuberculosis dikenalpasti sebagai Lineage 1 (EAI2-Manila), dan satu Jenis adalah dari kumpulan Lineage 4 iaitu dari keluarga Latin American Madeterhian (LAM), M. tuberculosis SBH162 dikena/pasti mempunyai mutasi pada gen rpoB pada lokus S450L, dimana ianya kebal terhadap antibiotik jenis rifampicin. Manakala SBH145 mempunyai mutasi pada gen rpsl pada lokus K43R yang menunjukan kebal dengan antibiotik jenis streptomycin. Jenis M. tuberculosis yang selebihnya boleh diubati dengan semua Jenis anibiotik bagi penyakit TB. Susunan genom jenis M. tuberculosis disimpan ke pangka/an data NCBJ secara individu sebagai M. tuberculosis Jenis baru yang terdapat di Malaysia. Penjujukan keseluruhan genom adalah pendekatan baru dan inovatif dalam transformasi diagnosis dalam bidang klinikal.