Amplifikasi RT-PCR nodavirus daripada ikan siakap, Lates calcarifer

• Main Author: Humaira Mohammad
• Format: Academic Exercise
• Language: English
• Published: 2008
• Subjects: SH Aquaculture. Fisheries. Angling
• Online Access: https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/19773/1/Amplifikasi%20RT-PCR.pdf; https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/19773/

Jangkitan nodavirus pada spesies ikan laut menyebabkan penyakit viral nekrosis sistem saraf dan kadar kematian yang tinggi. Teknik RT-PCR digunakan untuk mengesan dan mengampliflkasi gen nodavirus. Dalam kajian ini, sebanyak 10 sampel ikan siakap, Lales calcarifer yang telah dikenalpasti dijangkiti nodavirus telah digunakan. Pengekstrakan RNA daripada 69 mg tisu sampel tersebut menggunakan kaedah modifikasi Gauthier et al. (1997) telah menghasilkan kuantiti RNA sebanyak 0.986 µg/µl dan serapan A₂₆₀/A₂₈₀ iaitu 1.766. Seterusnya, tindakbalas RT-PCR telah dijalankan. Hasil tindakbalas RT-PCR mendapati dua pasangan primer terbaik untuk mengampliflkasi gen RNAI dan RNA2 nodavirus adalah ABI 9 dan ABI 2 serta ABI 13 dan ABI 2. Kedua-dua pasangan primer terbaik ini menghasilkan produk PCR yang menepati saiz yang dijangkakan dengan menggunakan kedua-dua sumber RNA iaitu daripada kit dan ikan yang dijangkiti nodavirus. Sebanyak empat pasangan primer berpotensi yang dikenalpasti iaitu ABI 5A dan ABI 2, ABI 9 dan ABI lA, ABI 9 dan ABI 3 serta ABI 11 dan ABI 2. Manakala sembilan pasangan primer tidak berpotensi yang dikenalpasti iaitu ABI S5A dan ABI lA, ABI SA dan ABI 3, ABI 11 dan ABIlA, ABI 11 dan ABI 3, ABI 13 dan ABI lA, ABI 13 dan ABI 3, ABI 15 dan ABI lA, ABI 15 dan ABI 2 serta ABI 15dan ABI 3. Kesimpulannya, hasil kajian ini adalah berguna untuk mengamplifikasi gen RNAI dan RNA2 nodavirus daripada spesies ikan laut. Kajian lebih lanjut iaitu pencirian produk PCR perlu dilakukan untuk memastikan amplifikasi RT-PCR nodavirus ini berjaya.