Perbandingan filogenetik protein antigen-I yang berpotensi sebagai calon diagnostik dan vaksin terhadap parasit cryptocaryon irritans
Protein antigen-i parasit ikan C. irritans berpotensi tinggi digunakan sebagai calon dalam pembangunan vaksin komersial terhadap C. irritans. Walau bagaimanapun, kewujudan variasi pada antigen-i serotip C. irritans yang berbeza mempengaruhi tahap perlindungan yang bakal diberikan terhadap varians C....
Saved in:
Main Authors: | , , |
---|---|
Format: | Article |
Language: | English |
Published: |
Penerbit Universiti Kebangsaan Malaysia
2016
|
Online Access: | http://journalarticle.ukm.my/10449/1/22%20Yogeswaran.pdf http://journalarticle.ukm.my/10449/ http://www.ukm.my/jsm/english_journals/vol45num12_2016/contentsVol45num12_2016.html |
Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
id |
my-ukm.journal.10449 |
---|---|
record_format |
eprints |
spelling |
my-ukm.journal.104492017-06-12T07:53:29Z http://journalarticle.ukm.my/10449/ Perbandingan filogenetik protein antigen-I yang berpotensi sebagai calon diagnostik dan vaksin terhadap parasit cryptocaryon irritans Yogeswaran Lokanathan, Adura Mohd-Adnan, Sheila Nathan, Protein antigen-i parasit ikan C. irritans berpotensi tinggi digunakan sebagai calon dalam pembangunan vaksin komersial terhadap C. irritans. Walau bagaimanapun, kewujudan variasi pada antigen-i serotip C. irritans yang berbeza mempengaruhi tahap perlindungan yang bakal diberikan terhadap varians C. irritans yang berbeza apabila antigen-i digunakan sebagai vaksin. Kajian ini dijalankan untuk membandingkan jujukan pelbagai antigen-i pencilan C. irritans di Malaysia berbanding antigen-i pencilan C. irritans yang pernah dilaporkan. Perbandingan filogenetik dijalankan untuk meramalkan potensi protein tersebut dalam usaha membangunkan calon serodiagnostik dan pemvaksinan terhadap pencilan C. irritans yang berlainan. Penjajaran jujukan berbilang bagi jujukan asid amino antigen-i dilakukan dengan perisian CLUSTALX dan analisis filogenetik antigen-i dilakukan menggunakan kaedah parsimoni maksimum (MP) dan kaedah Bayes. Sembilan transkrip unik (TU) C. irritans yang mempunyai padanan signifikan dengan antigen-i di pangkalan data protein NCBI didapati mempunyai peratus kesamaan antara 41% hingga 71%. Kedua-dua pohon MP dan Bayesian yang dijana menunjukkan varians antigen-i cn56 and cn57 terkelompok bersama dalam satu kumpulan manakala varians antigen-i yang lain terbahagi kepada dua kumpulan berasingan dan pengkelompokan ini disokong oleh kehadiran asid amino yang terpulihara dalam kumpulan masing-masing. Kajian lanjutan boleh dilakukan untuk mengenal pasti varians antigen-i yang sesuai sebagai calon serodiagnosis dan juga dapat memberi perlindungan silang terhadap pelbagai pencilan C. irritans di serata dunia. Penerbit Universiti Kebangsaan Malaysia 2016-12 Article PeerReviewed application/pdf en http://journalarticle.ukm.my/10449/1/22%20Yogeswaran.pdf Yogeswaran Lokanathan, and Adura Mohd-Adnan, and Sheila Nathan, (2016) Perbandingan filogenetik protein antigen-I yang berpotensi sebagai calon diagnostik dan vaksin terhadap parasit cryptocaryon irritans. Sains Malaysiana, 45 (12). pp. 1969-1979. ISSN 0126-6039 http://www.ukm.my/jsm/english_journals/vol45num12_2016/contentsVol45num12_2016.html |
institution |
Universiti Kebangsaan Malaysia |
building |
Perpustakaan Tun Sri Lanang Library |
collection |
Institutional Repository |
continent |
Asia |
country |
Malaysia |
content_provider |
Universiti Kebangsaan Malaysia |
content_source |
UKM Journal Article Repository |
url_provider |
http://journalarticle.ukm.my/ |
language |
English |
description |
Protein antigen-i parasit ikan C. irritans berpotensi tinggi digunakan sebagai calon dalam pembangunan vaksin komersial terhadap C. irritans. Walau bagaimanapun, kewujudan variasi pada antigen-i serotip C. irritans yang berbeza mempengaruhi tahap perlindungan yang bakal diberikan terhadap varians C. irritans yang berbeza apabila antigen-i digunakan sebagai vaksin. Kajian ini dijalankan untuk membandingkan jujukan pelbagai antigen-i pencilan C. irritans di Malaysia berbanding antigen-i pencilan C. irritans yang pernah dilaporkan. Perbandingan filogenetik dijalankan untuk meramalkan potensi protein tersebut dalam usaha membangunkan calon serodiagnostik dan pemvaksinan terhadap pencilan C. irritans yang berlainan. Penjajaran jujukan berbilang bagi jujukan asid amino antigen-i dilakukan dengan perisian CLUSTALX dan analisis filogenetik antigen-i dilakukan menggunakan kaedah parsimoni maksimum (MP) dan kaedah Bayes. Sembilan transkrip unik (TU) C. irritans yang mempunyai padanan signifikan dengan antigen-i di pangkalan data protein NCBI didapati mempunyai peratus kesamaan antara 41% hingga 71%. Kedua-dua pohon MP dan Bayesian yang dijana menunjukkan varians antigen-i cn56 and cn57 terkelompok bersama dalam satu kumpulan manakala varians antigen-i yang lain terbahagi kepada dua kumpulan berasingan dan pengkelompokan ini disokong oleh kehadiran asid amino yang terpulihara dalam kumpulan masing-masing. Kajian lanjutan boleh dilakukan untuk mengenal pasti varians antigen-i yang sesuai sebagai calon serodiagnosis dan juga dapat memberi perlindungan silang terhadap pelbagai pencilan C. irritans di serata dunia. |
format |
Article |
author |
Yogeswaran Lokanathan, Adura Mohd-Adnan, Sheila Nathan, |
spellingShingle |
Yogeswaran Lokanathan, Adura Mohd-Adnan, Sheila Nathan, Perbandingan filogenetik protein antigen-I yang berpotensi sebagai calon diagnostik dan vaksin terhadap parasit cryptocaryon irritans |
author_facet |
Yogeswaran Lokanathan, Adura Mohd-Adnan, Sheila Nathan, |
author_sort |
Yogeswaran Lokanathan, |
title |
Perbandingan filogenetik protein antigen-I yang berpotensi sebagai calon diagnostik dan vaksin terhadap parasit cryptocaryon irritans |
title_short |
Perbandingan filogenetik protein antigen-I yang berpotensi sebagai calon diagnostik dan vaksin terhadap parasit cryptocaryon irritans |
title_full |
Perbandingan filogenetik protein antigen-I yang berpotensi sebagai calon diagnostik dan vaksin terhadap parasit cryptocaryon irritans |
title_fullStr |
Perbandingan filogenetik protein antigen-I yang berpotensi sebagai calon diagnostik dan vaksin terhadap parasit cryptocaryon irritans |
title_full_unstemmed |
Perbandingan filogenetik protein antigen-I yang berpotensi sebagai calon diagnostik dan vaksin terhadap parasit cryptocaryon irritans |
title_sort |
perbandingan filogenetik protein antigen-i yang berpotensi sebagai calon diagnostik dan vaksin terhadap parasit cryptocaryon irritans |
publisher |
Penerbit Universiti Kebangsaan Malaysia |
publishDate |
2016 |
url |
http://journalarticle.ukm.my/10449/1/22%20Yogeswaran.pdf http://journalarticle.ukm.my/10449/ http://www.ukm.my/jsm/english_journals/vol45num12_2016/contentsVol45num12_2016.html |
_version_ |
1643738130830852096 |
score |
13.209306 |